| 2012.8.22 1st-leg | ||||
| シュツットガルト | 2 | - | 0 | ディナモ・モスクワ |
| 2012.8.23 1st-leg | ||||
| AIK | 0 | - | 1 | CSKAモスクワ |
| F91ドュードラング | 1 | - | 3 | ハポエル・テルアビブ |
| PAOK | 2 | - | 1 | ラピド・ウィーン |
| アスレティク・ビルバオ | 6 | - | 0 | HJKヘルシンキ |
| アトロミトス | 1 | - | 1 | ニューカッスル |
| アンジ・マハチカラ | 1 | - | 0 | AZアルクマール |
| エクラナス | 0 | - | 2 | ステアウア・ブカレスト |
| シェリフ・チラスポル | 1 | - | 2 | マルセイユ |
| シロンスク・ヴロツワフ | 3 | - | 5 | ハノーヴァー96 |
| ゼータ | 0 | - | 5 | PSVアイントホーフェン |
| ディナモ・ブカレスト | 0 | - | 2 | メタリスト・ハルキフ |
| デブレツェン | 0 | - | 3 | クラブ・ブルージュ |
| トラブゾンスポル | 0 | - | 0 | ビデオトン |
| トロムセ | 3 | - | 2 | パルチザン・ベオグラード |
| ネフトチ | 1 | - | 1 | APOELニコシア |
| ハーツ | 0 | - | 1 | リヴァプール |
| バスルイ | 0 | - | 2 | インテルミラン |
| フェイエノールト | 2 | - | 2 | スパルタ・プラハ |
| ブネサスポル | 3 | - | 1 | トウェンテ |
| ホーセンス | 1 | - | 1 | スポルティング・リスボン |
| マザーウェル | 0 | - | 2 | レバンテ |
| マリティモ | 1 | - | 0 | ディラ・ゴリ |
| ミッティラン | 0 | - | 3 | ヤングボーイズ |
| ムラ05 | 0 | - | 2 | ラツィオ |
| モルデ | 2 | - | 0 | ヘーレンフェーン |
| リベレッチ | 2 | - | 2 | ドニプロ・ドニプロペトロフシク |
| ルツェルン | 2 | - | 1 | ヘンク |
| レジナ・ワルシャワ | 1 | - | 1 | ローゼンボリ |
| レッドスター・ベルグラード | 0 | - | 0 | ボルドー |
| ロケレン | 2 | - | 1 | ビクトリア・プルゼニ |
| 2012.8.28 2nd-leg | ||||
| ディナモ・モスクワ | 1 | - | 1 | シュツットガルト |
| 2012.8.30 2nd-leg | ||||
| APOELニコシア | 1 | - | 3 | ネフトチ |
| AZアルクマール | 0 | - | 5 | アンジ・マハチカラ |
| CSKAモスクワ | 0 | - | 2 | AIK |
| クラブ・ブルージュ | 4 | - | 1 | デブレツェン |
| HJKヘルシンキ | 3 | - | 3 | アスレティク・ビルバオ |
| PSVアイントホーフェン | 9 | - | 0 | ゼータ |
| インテルミラン | 2 | - | 2 | バスルイ |
| ヘンク | 2 | - | 0 | ルツェルン |
| ステアウア・ブカレスト | 3 | - | 0 | エクラナス |
| スパルタ・プラハ | 2 | - | 0 | フェイエノールト |
| スポルティング・リスボン | 5 | - | 0 | ホーセンス |
| ディラ・ゴリ | 0 | - | 2 | マリティモ |
| トウェンテ | 4 | - | 1 | ブネサスポル |
| ドニプロ・ドニプロペトロフシク | 4 | - | 2 | リベレッチ |
| ニューカッスル | 1 | - | 0 | アトロミトス |
| ハノーヴァー96 | 5 | - | 1 | シロンスク・ヴロツワフ |
| ハポエル・テルアビブ | 4 | - | 0 | F91ドュードラング |
| パルチザン・ベオグラード | 1 | - | 0 | トロムセ |
| ビクトリア・プルゼニ | 1 | - | 0 | ロケレン |
| ビデオトン | 0 | - | 0 | トラブゾンスポル |
| ヘーレンフェーン | 1 | - | 2 | モルデ |
| ボルドー | 3 | - | 2 | レッドスター・ベルグラード |
| マルセイユ | 0 | - | 0 | シェリフ・チラスポル |
| メタリスト・ハルキフ | 2 | - | 1 | ディナモ・ブカレスト |
| ヤングボーイズ | 0 | - | 2 | ミッティラン |
| ラツィオ | 3 | - | 1 | ムラ05 |
| ラピド・ウィーン | 3 | - | 0 | PAOK |
| リヴァプール | 1 | - | 1 | ハーツ |
| レバンテ | 1 | - | 0 | マザーウェル |
| ローゼンボリ | 2 | - | 1 | レジナ・ワルシャワ |
| PK | ||||
| ビデオトン | 4 | - | 2 | トラブゾンスポル |
| 2012.8.2 1st-leg | ||||
| AIK | 3 | - | 0 | レフ・ポズナン |
| APOELニコシア | 2 | - | 1 | オーレスン |
| アスレティク・ビルバオ | 3 | - | 1 | スラヴェン・コプリヴニツァ |
| アドミラ | 0 | - | 2 | スパルタ・プラハ |
| アルセナル・キエフ | 0 | - | 3 | ムラ05 |
| ※試合はアルセナル・キエフが 3-0で勝利したが、出場資格がない選手がプレイしたため、8月 8日に UEFAがムラ05の 3-0勝利とした。 | ||||
| アンジ・マハチカラ | 2 | - | 0 | フィテッセ |
| エスキシェヒルスポル | 1 | - | 1 | マルセイユ |
| カルマル | 1 | - | 0 | ヤングボーイズ |
| クオピオン・パロセウラ | 1 | - | 0 | ブネサスポル |
| ヘンク | 2 | - | 1 | アクトベ・レント |
| ゴメル | 0 | - | 1 | リヴァプール |
| サラエヴォ | 2 | - | 1 | ゼータ |
| ステアウア・ブカレスト | 0 | - | 1 | スパルタク・トルナヴァ |
| セルヴェト | 1 | - | 1 | ローゼンボリ |
| セントパトリックス・アスレティック | 0 | - | 3 | ハノーヴァー96 |
| ダンディー・ユナイテッド | 2 | - | 2 | ディナモ・モスクワ |
| ディラ・ゴリ | 0 | - | 1 | アノルトシス |
| トウェンテ | 2 | - | 0 | メラダ・ボレスラフ |
| トリポリス | 1 | - | 1 | マリティモ |
| トロムセ | 1 | - | 1 | メタルルフ・ドネツク |
| ハイデュク・スプリト | 0 | - | 3 | インテルミラン |
| ビデオトン | 1 | - | 0 | ヘント |
| ブネイ・エフダ | 0 | - | 2 | PAOK |
| ヘーレンフェーン | 4 | - | 0 | ラピド・ブカレスト |
| ホーセンス | 1 | - | 1 | エルフズボリ |
| リード | 2 | - | 1 | レジナ・ワルシャワ |
| ルフ・ホジューフ | 0 | - | 2 | ビクトリア・プルゼニ |
| レッドスター・ベルグラード | 0 | - | 0 | オモニア・ニコシア |
| ヴォイヴォディナ | 2 | - | 1 | ラピド・ウィーン |
| 2012.8.9 2nd-leg | ||||
| ヘント | 0 | - | 3 | ビデオトン |
| PAOK | 4 | - | 1 | ブネイ・エフダ |
| アクトベ・レント | 1 | - | 2 | ヘンク |
| アノルトシス | 0 | - | 3 | ディラ・ゴリ |
| ※試合は観客による妨害があったため 82分で終了した。UEFAの規律委員会によって審議されることになった。 | ||||
| インテルミラン | 0 | - | 2 | ハイデュク・スプリト |
| エルフズボリ | 2 | - | 3 | ホーセンス |
| オモニア・ニコシア | 0 | - | 0 | レッドスター・ベルグラード |
| オーレスン | 0 | - | 1 | APOELニコシア |
| スパルタク・トルナヴァ | 0 | - | 3 | ステアウア・ブカレスト |
| スパルタ・プラハ | 2 | - | 2 | アドミラ |
| スラヴェン・コプリヴニツァ | 2 | - | 1 | アスレティク・ビルバオ |
| ゼータ | 1 | - | 0 | サラエヴォ |
| ディナモ・モスクワ | 5 | - | 0 | ダンディー・ユナイテッド |
| ハノーヴァー96 | 2 | - | 0 | セントパトリックス・アスレティック |
| ビクトリア・プルゼニ | 5 | - | 0 | ルフ・ホジューフ |
| フィテッセ | 0 | - | 2 | アンジ・マハチカラ |
| ブネサスポル | 6 | - | 0 | クオピオン・パロセウラ |
| マリティモ | 0 | - | 0 | トリポリス |
| マルセイユ | 3 | - | 0 | エスキシェヒルスポル |
| ムラ05 | 0 | - | 2 | アルセナル・キエフ |
| メタルルフ・ドネツク | 0 | - | 1 | トロムセ |
| メラダ・ボレスラフ | 0 | - | 2 | トウェンテ |
| ヤングボーイズ | 3 | - | 0 | カルマル |
| ラピド・ウィーン | 2 | - | 0 | ヴォイヴォディナ |
| ラピド・ブカレスト | 1 | - | 0 | ヘーレンフェーン |
| リヴァプール | 3 | - | 0 | ゴメル |
| レジナ・ワルシャワ | 3 | - | 1 | リード |
| レフ・ポズナン | 1 | - | 0 | AIK |
| ローゼンボリ | 0 | - | 0 | セルヴェト |
| PK | ||||
| オモニア・ニコシア | 5 | - | 6 | レッドスター・ベルグラード |
| 2012.7.19 1st-leg | ||||
| AIK | 1 | - | 1 | ハプナフィヨルズル |
| APOELニコシア | 2 | - | 0 | サニカ |
| SKティラナ | 1 | - | 1 | オーレスン |
| アンジ・マハチカラ | 1 | - | 0 | キスペスト・ホンヴェド |
| インテルバクー | 1 | - | 1 | トリポリス |
| エスキシェヒルスポル | 2 | - | 0 | セント・ジョンストン |
| オシエク | 1 | - | 3 | カルマル |
| オリンピヤ・リュブリャナ | 0 | - | 0 | トロムセ |
| オーフス | 1 | - | 2 | ディラ・ゴリ |
| シャフチョール・サリホルスク | 1 | - | 1 | リード |
| シロキ・ブリイェグ | 1 | - | 1 | セントパトリックス・アスレティック |
| ジャルギリス | 1 | - | 1 | アドミラ |
| スパルタク・トルナヴァ | 3 | - | 1 | スライゴ |
| スラベン・ベルポ | 6 | - | 0 | ポータダウン |
| スロバン・ブラチスラバ | 1 | - | 1 | ビデオトン |
| セルヴェト | 2 | - | 0 | ガンザサル・カパン |
| ダチア・キシナウ | 1 | - | 0 | エルフズボリ |
| ディフェルダンジュ03 | 0 | - | 1 | ヘント |
| トウェンテ | 1 | - | 1 | インテル・トゥルク |
| ナフタン・ナヴァポラツァク | 3 | - | 4 | レッドスター・ベルグラード |
| ハイデュク・スプリト | 2 | - | 0 | スコント・リガ |
| ハザル・ランカラン | 1 | - | 1 | レフ・ポズナン |
| ブネイ・エフダ | 2 | - | 0 | シラク・ギウミリ |
| マッカビ・ネタニヤ | 1 | - | 2 | クオピオン・パロセウラ |
| ミルサミ | 4 | - | 2 | アクトベ・レント |
| ムラ05 | 0 | - | 0 | CSKAソフィア |
| メタルルフ・ドネツク | 7 | - | 0 | セリク・ニクシッチ |
| メタルーギスト・ルスタヴィ | 1 | - | 3 | ビクトリア・プルゼニ |
| メラダ・ボレスラフ | 3 | - | 0 | トール・アークレイリ |
| ヤングボーイズ | 1 | - | 0 | ジンブル・チシナウ |
| ユバスキュラン・ヤルカパロクルビ | 3 | - | 2 | ゼータ |
| ラピド・ブカレスト | 3 | - | 1 | ミリコスケン・パロ47 |
| リエパヤ・メタルグス | 2 | - | 2 | レジナ・ワルシャワ |
| ルフ・ホジューフ | 3 | - | 1 | メタルーグ・スコピエ |
| レノヴァ | 0 | - | 2 | ゴメル |
| レフスキ・ソフィア | 1 | - | 0 | サラエヴォ |
| レヴァディア・タリン | 1 | - | 3 | アノルトシス |
| ロコモティフ・プロブディフ | 4 | - | 4 | フィテッセ |
| ローゼンボリ | 2 | - | 2 | オルダバシー |
| ヴォイヴォディナ | 1 | - | 1 | スドゥヴァ |
| 2012.7.26 2nd-leg | ||||
| ヘント | 3 | - | 2 | ディフェルダンジュ03 |
| CSKAソフィア | 1 | - | 1 | ムラ05 |
| アクトベ・レント | 3 | - | 0 | ミルサミ |
| アドミラ | 5 | - | 1 | ジャルギリス |
| アノルトシス | 3 | - | 0 | レヴァディア・タリン |
| インテル・トゥルク | 0 | - | 5 | トウェンテ |
| エルフズボリ | 2 | - | 0 | ダチア・キシナウ |
| オルダバシー | 1 | - | 2 | ローゼンボリ |
| オーレスン | 5 | - | 0 | SKティラナ |
| カルマル | 3 | - | 0 | オシエク |
| ガンザサル・カパン | 1 | - | 3 | セルヴェト |
| キスペスト・ホンヴェド | 0 | - | 4 | アンジ・マハチカラ |
| クオピオン・パロセウラ | 0 | - | 1 | マッカビ・ネタニヤ |
| ゴメル | 0 | - | 1 | レノヴァ |
| サニカ | 0 | - | 1 | APOELニコシア |
| サラエヴォ | 3 | - | 1 | レフスキ・ソフィア |
| シラク・ギウミリ | 0 | - | 1 | ブネイ・エフダ |
| ジンブル・チシナウ | 1 | - | 0 | ヤングボーイズ |
| スコント・リガ | 1 | - | 0 | ハイデュク・スプリト |
| スドゥヴァ | 0 | - | 4 | ヴォイヴォディナ |
| スライゴ | 1 | - | 1 | スパルタク・トルナヴァ |
| セリク・ニクシッチ | 2 | - | 4 | メタルルフ・ドネツク |
| セントパトリックス・アスレティック | 2 | - | 1 | シロキ・ブリイェグ |
| セント・ジョンストン | 1 | - | 1 | エスキシェヒルスポル |
| ゼータ | 1 | - | 0 | ユバスキュラン・ヤルカパロクルビ |
| ディラ・ゴリ | 3 | - | 1 | オーフス |
| トリポリス | 1 | - | 1 | インテルバクー |
| トロムセ | 1 | - | 0 | オリンピヤ・リュブリャナ |
| トール・アークレイリ | 0 | - | 1 | メラダ・ボレスラフ |
| ハプナフィヨルズル | 0 | - | 1 | AIK |
| ビクトリア・プルゼニ | 2 | - | 0 | メタルーギスト・ルスタヴィ |
| ビデオトン | 0 | - | 0 | スロバン・ブラチスラバ |
| フィテッセ | 3 | - | 1 | ロコモティフ・プロブディフ |
| ポータダウン | 2 | - | 4 | スラヴェン・コプリヴニツァ |
| ミリコスケン・パロ47 | 0 | - | 2 | ラピド・ブカレスト |
| メタルーグ・スコピエ | 0 | - | 3 | ルフ・ホジューフ |
| リード | 0 | - | 0 | シャフチョール・サリホルスク |
| レジナ・ワルシャワ | 5 | - | 1 | リエパヤ・メタルグス |
| レッドスター・ベルグラード | 3 | - | 3 | ナフタン・ナヴァポラツァク |
| レフ・ポズナン | 1 | - | 0 | ハザル・ランカラン |
| PK | ||||
| トリポリス | 4 | - | 2 | インテルバクー |
| ジンブル・チシナウ | 1 | - | 4 | ヤングボーイズ |
| 2012.7.3 1st-leg | ||||
| バイキング | 0 | - | 6 | ゴメル |
| シェンディア | 0 | - | 0 | ポータダウン |
| 2012.7.5 1st-leg | ||||
| FCピウニク | 0 | - | 3 | ゼータ |
| MTKブカレスト | 1 | - | 1 | サニカ |
| SKティラナ | 2 | - | 0 | CSグレヴェンマシャー |
| エルフズボリ | 8 | - | 0 | フロリアーナ |
| オリンピヤ・リュブリャナ | 3 | - | 0 | ジュネス・エッシュ |
| クオピオン・パロセウラ | 2 | - | 1 | ラネリ |
| クリフトンビル | 1 | - | 0 | カルマル |
| クルセイダーズ | 0 | - | 3 | ローゼンボリ |
| ケフン・ドリュイズ | 0 | - | 0 | ミリコスケン・パロ47 |
| サラエヴォ | 5 | - | 2 | ヒベルニアンズ |
| サンタコロマ | 0 | - | 1 | オシエク |
| ストレイムル | 3 | - | 1 | ガンザサル・カパン |
| スドゥヴァ | 0 | - | 1 | ダウガヴァ |
| セントパトリックス・アスレティック | 1 | - | 0 | IBVヴェストマンナエイヤル |
| ダチア・キシナウ | 1 | - | 0 | パブリクム |
| テウタ・ドゥラス | 0 | - | 3 | メタルーギスト・ルスタヴィ |
| ディフェルダンジュ03 | 3 | - | 0 | ルナヴィク |
| トウェンテ | 6 | - | 0 | サンタコロマ |
| トランス・ナルヴァ | 0 | - | 5 | インテルミラン |
| トルペド・クタイシ | 1 | - | 1 | アクトベ・レント |
| ハザル・ランカラン | 2 | - | 2 | ノーメ・カリュ |
| ハプナフィヨルズル | 2 | - | 1 | エッシェン・マウレン |
| バクー | 0 | - | 0 | ムラ05 |
| バンゴール・シティー | 0 | - | 0 | ジンブル・キシニョフ |
| ビルキルカラ | 2 | - | 2 | メタルーグ・スコピエ |
| フラムルタリ | 0 | - | 1 | キスペスト・ホンヴェド |
| ボヘミアンズ | 0 | - | 0 | トール・アークレイリ |
| ボラツ・バニャ・ルカ | 2 | - | 2 | セリク・ニクシッチ |
| ヤゴディナ | 0 | - | 1 | オルダバシー |
| ユバスキュラン・ヤルカパロクルビ | 2 | - | 0 | スタバエク |
| ラフィオリタ | 0 | - | 2 | リエパヤ・メタルグス |
| ルダル・プリェヴリャ | 0 | - | 1 | シラク・ギウミリ |
| レノヴァ | 4 | - | 0 | リベルタス |
| レフ・ポズナン | 2 | - | 0 | ジェティス |
| レヴァディア・タリン | 1 | - | 0 | シャウレイ |
| 2012.7.10 2nd-leg | ||||
| CSグレヴェンマシャー | 0 | - | 0 | SKティラナ |
| ノーメ・カリュ | 0 | - | 2 | ハザル・ランカラン |
| フロリアーナ | 0 | - | 4 | エルフズボリ |
| ポータダウン | 2 | - | 1 | スカンディア |
| 2012.7.12 2nd-leg | ||||
| IBVヴェストマンナエイヤル | 2 | - | 1 | セントパトリックス・アスレティック |
| アクトベ・レント | 1 | - | 0 | トルペド・クタイシ |
| インテルミラン | 2 | - | 0 | トランス・ナルヴァ |
| エッシェン・マウレン | 0 | - | 1 | ハプナフィヨルズル |
| オシエク | 3 | - | 1 | サンタコロマ |
| オルダバシー | 0 | - | 0 | ヤゴディナ |
| カルマル | 4 | - | 0 | クリフトンビル |
| ガンザサル・カパン | 2 | - | 0 | ストレイムル |
| キスペスト・ホンヴェド | 2 | - | 0 | フラムルタリ |
| ゴメル | 4 | - | 0 | バイキング |
| サニカ | 2 | - | 1 | MTKブカレスト |
| サンタコロマ | 0 | - | 3 | トウェンテ |
| シャウレイ | 2 | - | 1 | レヴァディア・タリン |
| シラク・ギウミリ | 1 | - | 1 | ルダル・プリェヴリャ |
| ジェティス | 1 | - | 1 | レフ・ポズナン |
| ジュネス・エッシュ | 0 | - | 3 | オリンピヤ・リュブリャナ |
| ジンブル・キシニョフ | 2 | - | 1 | バンゴール・シティー |
| スタバエク | 3 | - | 2 | ユバスキュラン・ヤルカパロクル |
| セリク・ニクシッチ | 1 | - | 1 | ボラツ・バニャ・ルカ |
| ゼータ | 1 | - | 2 | FCピウニク |
| ダウガヴァ | 2 | - | 3 | スドゥヴァ |
| トール・アークレイリ | 5 | - | 1 | ボヘミアンズ |
| パブリクム | 0 | - | 1 | ダチア・キシナウ |
| ヒベルニアンズ | 4 | - | 4 | サラエヴォ |
| ミリコスケン・パロ47 | 5 | - | 0 | ケフン・ドリュイズ |
| ムラ05 | 2 | - | 0 | バクー |
| メタルーギスト・ルスタヴィ | 6 | - | 1 | テウタ・ドゥラス |
| メタルーグ・スコピエ | 0 | - | 0 | ビルキルカラ |
| ラネリ | 1 | - | 1 | クオピオン・パロセウラ |
| リエパヤ・メタルグス | 4 | - | 0 | ラフィオリタ |
| リベルタス | 0 | - | 4 | レノヴァ |
| ルナヴィク | 0 | - | 3 | ディフェルダンジュ03 |
| ローゼンボリ | 1 | - | 0 | クルセイダーズ |