| 2016.8.17 1st-leg | ||||
| ベーター・エルサレム | 1 | - | 2 | サンテティエンヌ |
| 2016.8.18 1st-leg | ||||
| ヘント | 2 | - | 1 | スカンディア |
| AEKラルナカ | 0 | - | 1 | スロヴァン・リベレッチ |
| FCクラスノダール | 4 | - | 0 | パルティザニ・ティラナ |
| IFKエーテボリ | 1 | - | 0 | カラバグ |
| アスタナ | 2 | - | 0 | BATEボリソフ |
| アストラ・ジュルジュ | 1 | - | 1 | ウェストハム |
| アロウカ | 0 | - | 1 | オリンピアコス・ピラエウス |
| イスタンブールBB | 1 | - | 2 | シャフタール・ドネツク |
| アウストリア・ウィーン | 2 | - | 1 | ローゼンボリ |
| ガバラ | 3 | - | 1 | マリボル |
| サッスオーロ | 3 | - | 0 | レッドスター・ベオグラード |
| スラヴィア・プラハ | 0 | - | 3 | アンデルレヒト |
| ソナーリュースケ | 0 | - | 0 | スパルタ・プラハ |
| ディナモ・トビリシ | 0 | - | 3 | PAOK |
| トレンチーン | 0 | - | 4 | ラピド・ウィーン |
| パナシナイコス | 3 | - | 0 | ブレンビー |
| フェネルバフチェ | 3 | - | 0 | グラスホッパーズ |
| マッカビ・テルアビブ | 2 | - | 1 | ハイデュク・スプリト |
| ミッティラン | 0 | - | 1 | オスマンルスポル |
| ロコモティヴァ・ザグレブ | 2 | - | 2 | ヘンク |
| ヴォイヴォディナ | 0 | - | 3 | AZアルクマール |
| 2016.8.25 2nd-leg | ||||
| AZアルクマール | 0 | - | 0 | ヴォイヴォディナ |
| BATEボリソフ | 2 | - | 2 | アスタナ |
| PAOK | 2 | - | 0 | ディナモ・トビリシ |
| アンデルレヒト | 3 | - | 0 | スラヴィア・プラハ |
| ウェストハム | 0 | - | 1 | アストラ・ジュルジュ |
| オスマンルスポル | 2 | - | 0 | ミッティラン |
| オリンピアコス・ピラエウス | 2 | - | 1 | アロウカ |
| カラバグ | 3 | - | 0 | IFKエーテボリ |
| グラスホッパーズ | 0 | - | 2 | フェネルバフチェ |
| ヘンク | 2 | - | 0 | ロコモティヴァ・ザグレブ |
| サンテティエンヌ | 0 | - | 0 | ベーター・エルサレム |
| シャフタール・ドネツク | 2 | - | 0 | イスタンブールBB |
| スカンディア | 0 | - | 4 | ヘント |
| スパルタ・プラハ | 3 | - | 2 | ソナーリュースケ |
| スロヴァン・リベレッチ | 3 | - | 0 | AEKラルナカ |
| ハイデュク・スプリト | 2 | 3PK4 | 1 | マッカビ・テルアビブ |
| パルティザニ・ティラナ | 0 | - | 0 | FCクラスノダール |
| ブレンビー | 1 | - | 1 | パナシナイコス |
| マリボル | 1 | - | 0 | ガバラ |
| ラピド・ウィーン | 0 | - | 2 | トレンチーン |
| レッドスター・ベオグラード | 1 | - | 1 | サッスオーロ |
| ローゼンボリ | 1 | - | 2 | アウストリア・ウィーン |
| 2016.7.28 1st-leg | ||||
| ヘント | 5 | - | 0 | ビートルル |
| AEKラルナカ | 1 | - | 1 | スパルタク・モスクワ |
| AZアルクマール | 1 | - | 0 | ヤニナ |
| IFKエーテボリ | 1 | - | 2 | HJKヘルシンキ |
| アドミラ | 1 | - | 2 | スロヴァン・リベレッチ |
| アバーディーン | 1 | - | 1 | マリボル |
| イェルガヴァ | 1 | - | 1 | ベーター・エルサレム |
| イスタンブールBB | 0 | - | 0 | リエカ |
| オスマンルスポル | 1 | - | 0 | ノーメ・カリュ |
| オレクサンドリーヤ | 0 | - | 3 | ハイデュク・スプリト |
| アウストリア・ウィーン | 0 | - | 1 | スパルタク・トルナヴァ |
| グラスホッパーズ | 2 | - | 1 | アポロン・リマソル |
| ヘンク | 1 | - | 0 | コーク |
| サンテティエンヌ | 0 | - | 0 | AEKアテネ |
| ザグウェンビェ・ルビン | 1 | - | 2 | ソナーリュースケ |
| スカンディア | 2 | - | 0 | メラダ・ボレスラフ |
| スラヴィア・プラハ | 0 | - | 0 | リオアヴェ |
| トゥルグジウ | 1 | - | 3 | マッカビ・テルアビブ |
| ドムザレ | 2 | - | 1 | ウェストハム |
| ドルペド・ゾーディーノ | 0 | - | 0 | ラピド・ウィーン |
| パナシナイコス | 1 | - | 0 | AIK |
| ビデオトン | 0 | - | 1 | ミッティラン |
| ビルキルカラ | 0 | - | 3 | FCクラスノダール |
| ヘラクレス | 1 | - | 1 | アロウカ |
| ヘルタ・ベルリン | 1 | - | 0 | ブレンビー |
| リール | 1 | - | 1 | ガバラ |
| ルツェルン | 1 | - | 1 | サッスオーロ |
| ロコモティヴァ・ザグレブ | 0 | - | 0 | ボルスクラ |
| ヴォイヴォディナ | 1 | - | 1 | ディナモ・ミンスク |
| 2016.8.3 2nd-leg | ||||
| スロヴァン・リベレッチ | 2 | - | 0 | アドミラ |
| 2016.8.4 2nd-leg | ||||
| AEKアテネ | 0 | - | 1 | サンテティエンヌ |
| AIK | 0 | - | 2 | パナシナイコス |
| FCクラスノダール | 3 | - | 1 | ビルキルカラ |
| HJKヘルシンキ | 0 | - | 2 | IFKエーテボリ |
| アポロン・リマソル | 3 | - | 3 | グラスホッパーズ |
| アロウカ | 0 | - | 0 | ヘラクレス |
| ウェストハム | 3 | - | 0 | ドムザレ |
| ガバラ | 1 | - | 0 | リール |
| ヤニナ | 1 | - | 2 | AZアルクマール |
| コーク | 1 | - | 2 | ヘンク |
| サッスオーロ | 3 | - | 0 | ルツェルン |
| スパルタク・トルナヴァ | 0 | 4PK5 | 1 | アウストリア・ウィーン |
| スパルタク・モスクワ | 0 | - | 1 | AEKラルナカ |
| ソナーリュースケ | 1 | - | 1 | ザグウェンビェ・ルビン |
| ディナモ・ミンスク | 0 | - | 2 | ヴォイヴォディナ |
| ノーメ・カリュ | 0 | - | 2 | オスマンルスポル |
| ハイデュク・スプリト | 3 | - | 1 | オレクサンドリーヤ |
| ビートルル | 0 | - | 0 | ヘント |
| ブレンビー | 3 | - | 1 | ヘルタ・ベルリン |
| ベーター・エルサレム | 3 | - | 0 | イェルガヴァ |
| ボルスクラ | 2 | - | 3 | ロコモティヴァ・ザグレブ |
| マッカビ・テルアビブ | 2 | - | 1 | トゥルグジウ |
| マリボル | 1 | - | 0 | アバーディーン |
| ミッティラン | 1 | - | 1 | ビデオトン |
| メラダ・ボレスラフ | 1 | - | 0 | スカンディア |
| ラピド・ウィーン | 3 | - | 0 | ドルペド・ゾーディーノ |
| リオアヴェ | 1 | - | 1 | スラヴィア・プラハ |
| リエカ | 2 | - | 2 | イスタンブールBB |
| 2016.7.14 1st-leg | ||||
| AIK | 1 | - | 0 | カレッジ・ヨーロッパ |
| CSMSヤシ | 2 | - | 2 | ハイデュク・スプリト |
| KR | 3 | - | 3 | グラスホッパーズ |
| MTKブダペスト | 1 | - | 2 | ガバラ |
| アドミラ | 1 | - | 0 | カパズ |
| アバーディーン | 3 | - | 0 | ヴェンツピルス |
| アウストリア・ウィーン | 1 | - | 0 | クレシ |
| カイラト・アルマトゥイ | 1 | - | 1 | マッカビ・テルアビブ |
| ヤニナ | 3 | - | 0 | オッド |
| クリフトンビル | 2 | - | 3 | AEKラルナカ |
| ヘンク | 2 | - | 0 | ブドゥチノスト・ポドゴリツァ |
| シャフティオール・ソリゴルスク | 1 | - | 1 | ドムザレ |
| シラク | 1 | - | 1 | スパルタク・トルナヴァ |
| ジンブル・キシナウ | 2 | - | 2 | オスマンルスポル |
| スロバン・ブラチスラバ | 0 | - | 0 | イェルガヴァ |
| ソナーリュースケ | 2 | - | 1 | ストロムスゴセット |
| ディナモ・ミンスク | 1 | - | 1 | セントパトリックス・アスレティック |
| デブレツェン | 1 | - | 2 | ドルペド・ゾーディーノ |
| ネフチ・バクー | 0 | - | 0 | スカンディア |
| ハイバーニアン | 0 | - | 1 | ブレンビー |
| ハッケン | 1 | - | 1 | コーク |
| パルチザン・ベオグラード | 0 | - | 0 | ザグウェンビェ・ルビン |
| ビデオトン | 2 | - | 0 | チュカリチュキ |
| ビルキルカラ | 0 | - | 0 | ハーツ |
| ピアスト | 0 | - | 3 | IFKエーテボリ |
| ベロエ | 1 | - | 1 | HJKヘルシンキ |
| ベーター・エルサレム | 1 | - | 0 | オモニア・ニコシア |
| マッカビ・ハイファ | 1 | - | 1 | ノーメ・カリュ |
| マリボル | 0 | - | 0 | レフスキ・ソフィア |
| ミッティラン | 3 | - | 0 | ファドゥーツ |
| レヴァディア・タリン | 3 | - | 1 | スラヴィア・プラハ |
| ロバニエメン・パロセウラ | 1 | - | 1 | ロコモティヴァ・ザグレブ |
| ヴォイヴォディナ | 1 | - | 0 | コノーズキー・ノーマッズ |
| 2016.7.20 2nd-leg | ||||
| カパズ | 0 | - | 2 | アドミラ |
| 2016.7.21 2nd-leg | ||||
| AEKラルナカ | 2 | - | 0 | クリフトンビル |
| HJKヘルシンキ | 1 | - | 0 | ベロエ |
| IFKエーテボリ | 0 | - | 0 | ピアスト |
| イェルガヴァ | 3 | - | 0 | スロバン・ブラチスラバ |
| オスマンルスポル | 5 | - | 0 | ジンブル・キシナウ |
| オッド | 3 | - | 1 | ヤニナ |
| オモニア・ニコシア | 3 | - | 2 | ベーター・エルサレム |
| カレッジ・ヨーロッパ | 0 | - | 1 | AIK |
| ガバラ | 2 | - | 0 | MTKブダペスト |
| クレシ | 1 | - | 4 | アウストリア・ウィーン |
| グラスホッパーズ | 2 | - | 1 | KR |
| コノーズキー・ノーマッズ | 1 | - | 2 | ヴォイヴォディナ |
| コーク | 1 | - | 0 | ハッケン |
| ザグウェンビェ・ルビン | 0 | 4PK3 | 0 | パルチザン・ベオグラード |
| スカンディア | 1 | - | 0 | ネフチ・バクー |
| ストロムスゴセット | 2 | - | 2 | ソナーリュースケ |
| スパルタク・トルナヴァ | 2 | - | 0 | シラク |
| スラヴィア・プラハ | 2 | - | 0 | レヴァディア・タリン |
| セントパトリックス・アスレティック | 0 | - | 1 | ディナモ・ミンスク |
| チュカリチュキ | 1 | - | 1 | ビデオトン |
| ドムザレ | 2 | - | 1 | シャフティオール・ソリゴルスク |
| ドルペド・ゾーディーノ | 1 | - | 0 | デブレツェン |
| ノーメ・カリュ | 1 | 5PK3 | 1 | マッカビ・ハイファ |
| ハイデュク・スプリト | 2 | - | 1 | CSMSヤシ |
| ハーツ | 1 | - | 2 | ビルキルカラ |
| ファドゥーツ | 2 | - | 2 | ミッティラン |
| ブドゥチノスト・ポドゴリツァ | 2 | 2PK4 | 0 | ヘンク |
| ブレンビー | 0 | 5PK3 | 1 | ハイバーニアン |
| マッカビ・テルアビブ | 2 | - | 1 | カイラト・アルマトゥイ |
| レフスキ・ソフィア | 1 | - | 1 | マリボル |
| ロコモティヴァ・ザグレブ | 3 | - | 0 | ロバニエメン・パロセウラ |
| ヴェンツピルス | 0 | - | 1 | アバーディーン |
| 2016.6.28 1st-leg | ||||
| カパズ | 0 | - | 0 | ダチア・キシナウ |
| セントパトリックス・アスレティック | 1 | - | 0 | ジュネス・エッシュ |
| パルティザニ・ティラナ | 0 | - | 0 | スロバン・ブラチスラバ |
| ラボトニツキ | 1 | - | 1 | ブドゥチノスト・ポドゴリツァ |
| 2016.6.30 1st-leg | ||||
| AEKラルナカ | 3 | - | 0 | フォルゴレ |
| AIK | 2 | - | 0 | バラ・タウン |
| IFKエーテボリ | 5 | - | 0 | ランディドノー |
| KR | 2 | - | 1 | グレナボン |
| アクトベ | 1 | - | 1 | MTKブダペスト |
| アトランタス | 0 | - | 2 | HJKヘルシンキ |
| アドミラ | 1 | - | 1 | スパルタク・ミヤバ |
| アバーディーン | 3 | - | 1 | フォラ・エッシュ |
| オッド | 2 | - | 0 | マリエハムン |
| ガバラ | 5 | - | 1 | サムトレディア |
| クレシ | 1 | - | 1 | ルダル・プリェヴリャ |
| コノーズキー・ノーマッズ | 0 | - | 0 | スタバエク |
| サンタコロマ | 1 | - | 3 | ロコモティヴァ・ザグレブ |
| シャムロック・ローバーズ | 0 | - | 2 | ロバニエメン・パロセウラ |
| シロキ・ブリイェグ | 1 | - | 1 | ビルキルカラ |
| ジンブル・キシナウ | 0 | - | 1 | チフラ・サクヘレ |
| スカンディア | 2 | - | 0 | クラコヴィア |
| スパルタク・トルナヴァ | 3 | - | 0 | ヒバーニアンズ |
| スラビア・ソフィア | 1 | - | 0 | ザグウェンビェ・ルビン |
| スロボダ・トゥズラ | 0 | - | 0 | ベーター・エルサレム |
| チュカリチュキ | 3 | - | 0 | オルダバシー |
| テウタ・ドゥラス | 0 | - | 1 | カイラト・アルマティ |
| ディナモ・ミンスク | 2 | - | 1 | スパルタクス・ユールマラ |
| ディフェルダンジュ03 | 1 | - | 1 | クリフトンビル |
| ディラ・ゴリ | 1 | - | 0 | シラク |
| トラカイ | 2 | - | 1 | ノーメ・カリュ |
| ドムザレ | 3 | - | 1 | リュシタノ |
| ハーツ | 2 | - | 1 | インフォネト・タリン |
| バナンツ | 0 | - | 1 | オモニア・ニコシア |
| バルザン | 0 | - | 2 | ネフチ・バクー |
| ビデオトン | 3 | - | 0 | ザリア・バルティ |
| ファドゥーツ | 3 | - | 1 | シレクス・クラトフォ |
| ブレイザブリク | 2 | - | 3 | イェルガヴァ |
| ベロエ | 0 | - | 0 | ラドニク・ビイェリナ |
| ボケリ | 1 | - | 1 | ヴォイヴォディナ |
| マッカビ・テルアビブ | 3 | - | 0 | ゴリカ |
| ミッティラン | 1 | - | 0 | スドゥヴァ |
| ヨーロッパFC | 2 | - | 0 | FCピウニク |
| ラ・フィオリタ | 0 | - | 5 | デブレツェン |
| リンフィールド | 0 | - | 1 | コーク・シティ |
| ルナヴィク | 0 | - | 2 | シャフティオール・ソリゴルスク |
| レヴァディア・タリン | 1 | - | 1 | HBトースハウン |
| ヴァルア・レイキャビク | 1 | - | 4 | ブレンビー |
| ヴェンツピルス | 2 | - | 0 | ビキングル・ゴタ |
| 2016.7.5 2nd-leg | ||||
| ジュネス・エッシュ | 2 | - | 1 | セントパトリックス・アスレティック |
| チフラ・サクヘレ | 2 | - | 3 | ジンブル・キシナウ |
| ビルキルカラ | 2 | - | 0 | シロキ・ブリイェグ |
| 2016.7.6 2nd-leg | ||||
| インフォネト・タリン | 2 | - | 4 | ハーツ |
| 2016.7.7 2nd-leg | ||||
| FCピウニク | 2 | - | 1 | カレッジ・ヨーロッパ |
| HBトースハウン | 0 | - | 2 | レヴァディア・タリン |
| HJKヘルシンキ | 1 | - | 1 | アトランタス |
| MTKブダペスト | 2 | - | 0 | アクトベ |
| イェルガヴァ | 2 | - | 2 | ブレイザブリク |
| オモニア・ニコシア | 4 | - | 1 | バナンツ |
| オルダバシー | 3 | - | 3 | チュカリチュキ |
| カイラト・アルマトゥイ | 5 | - | 0 | テウタ |
| クラコヴィア | 1 | - | 2 | スカンディア |
| クリフトンビル | 2 | - | 0 | ディフェルダンジュ03 |
| グレナボン | 0 | - | 6 | KR |
| コーク | 1 | - | 1 | リンフィールド |
| サムトレディア | 2 | - | 1 | ガバラ |
| ザグウェンビェ・ルビン | 3 | - | 0 | スラビア・ソフィア |
| ザリア・バルティ | 2 | - | 0 | ビデオトン |
| シャフティオール・ソリゴルスク | 5 | - | 0 | ルナヴィク |
| シラク | 1 | 4PK1 | 0 | ディラ・ゴリ |
| シレクス・クラトフォ | 1 | - | 2 | ファドゥーツ |
| スタバエク | 0 | - | 1 | コノーズキー・ノーマッズ |
| スドゥヴァ | 0 | - | 1 | ミッティラン |
| スパルタクス・ユールマラ | 0 | - | 2 | ディナモ・ミンスク |
| スパルタク・ミヤバ | 2 | - | 3 | アドミラ |
| スロバン・ブラチスラバ | 中止 | パルティザニ・ティラナ | ||
| ダチア・キシナウ | 0 | - | 1 | カパズ |
| デブレツェン | 2 | - | 0 | ラ・フィオリタ |
| ネフチ・バクー | 1 | - | 2 | バルザン |
| ノヴァ・ゴリカ | 0 | - | 1 | マッカビ・テルアビブ |
| ノーメ・カリュ | 4 | - | 1 | トラカイ |
| バラ・タウン | 0 | - | 2 | AIK |
| ヒバーニアンズ | 0 | - | 3 | スパルタク・トルナヴァ |
| ビキングル・ゴタ | 0 | - | 2 | ヴェンツピルス |
| フォラ・エッシュ | 1 | - | 0 | アバーディーン |
| フォルゴレ | 1 | - | 3 | AEKラルナカ |
| ブドゥチノスト・ポドゴリツァ | 1 | - | 0 | ラボトニツキ |
| ブレンビー | 6 | - | 0 | ヴァルア・レイキャビク |
| ベーター・エルサレム | 1 | - | 0 | スロボダ・トゥズラ |
| マリエハムン | 1 | - | 1 | オッド |
| ラドニク・ビイェリナ | 0 | - | 2 | ベロエ |
| ランディドノー | 1 | - | 2 | IFK |
| リュシタノ | 1 | - | 2 | ドムザレ |
| ルダル・プリェヴリャ | 0 | - | 1 | クレシ |
| ロコモティヴァ・ザグレブ | 4 | - | 1 | サンタコロマ |
| ロバニエメン・パロセウラ | 1 | - | 1 | シャムロック・ローバーズ |
| ヴォイヴォディナ | 5 | - | 0 | ボケリ |
| アルバニア王者 八百長で排除 |
