消滅：
前年まで参加していた横浜フリューゲルスが消滅、横浜マリノスに吸収された。
チーム数：
初めて 2部制が導入されたため、2チーム減った。
全16チーム。
ルール：
PK戦が廃止され、引き分けが導入された。
J1と J2の入れ替えが初めて行われた。
勝ち点：
90分勝利で 3点、延長勝利 2点、引き分け 1点。
試合：
2シーズン制で覇権を争った。
試合方式は、前後半 90分で決着が付かない場合、Vゴール方式による延長戦を行う。
Ｊ２降格：
15位の浦和、16位の平塚がＪ２へ自動降格。
優勝は「サントリーチャンピオンシップ」を戦って決定した。
12月 4日 磐田 2 延長 1 清水
12月11日 清水 2 2PK4 1 磐田
※勝ち点 - 勝利 3、延長勝利 2、引き分け 1、延長敗戦 0、敗戦 0
順位表
1999年 12月 4日 シーズン終了
| | 勝点 | Ｊ１通算 | 勝 | 分 | 負 | 得点 | 失点 | 点差 | 試合 | 平均 |
| 1 | 65 | 清水 | 22 | 1 | 7 | 56 | 36 | 20 | 30 | 2.17 |
| 2 | 58 | 柏 | 20 | 1 | 9 | 49 | 36 | 13 | 30 | 1.93 |
| 3 | 54 | 名古屋 | 18 | 2 | 10 | 62 | 46 | 16 | 30 | 1.80 |
| 4 | 53 | 横浜マ | 18 | 3 | 9 | 61 | 35 | 26 | 30 | 1.77 |
| 5 | 53 | セ大阪 | 19 | 0 | 11 | 64 | 45 | 19 | 30 | 1.77 |
| 6 | 49 | 磐田 | 17 | 1 | 12 | 52 | 42 | 10 | 30 | 1.63 |
| 7 | 49 | ヴ川崎 | 17 | 2 | 11 | 43 | 43 | 0 | 30 | 1.63 |
| 8 | 48 | 広島 | 16 | 1 | 13 | 54 | 43 | 11 | 30 | 1.60 |
| 9 | 40 | 鹿島 | 14 | 1 | 15 | 53 | 37 | 16 | 30 | 1.33 |
| 10 | 37 | 神戸 | 12 | 4 | 14 | 38 | 45 | -7 | 30 | 1.23 |
| 11 | 32 | ガ大阪 | 11 | 1 | 18 | 36 | 46 | -10 | 30 | 1.07 |
| 12 | 31 | 京都 | 11 | 0 | 19 | 38 | 58 | -20 | 30 | 1.03 |
| 13 | 28 | 市原 | 10 | 2 | 18 | 41 | 56 | -15 | 30 | 0.93 |
| 14 | 28 | 福岡 | 10 | 1 | 19 | 41 | 59 | -18 | 30 | 0.93 |
| 15 | 28 | 浦和 | 8 | 5 | 17 | 39 | 58 | -19 | 30 | 0.93 |
| 16 | 13 | 平塚 | 4 | 1 | 25 | 30 | 72 | -42 | 30 | 0.43 |
第1ステージ順位表
| | 勝点 | | 勝 | 分 | 負 | 得点 | 失点 | 点差 | 試合 | 平均 |
| 1 | 34 | 磐田 | 12 | 0 | 3 | 29 | 15 | 14 | 15 | 2.27 |
| 2 | 32 | ヴ川崎 | 11 | 1 | 3 | 20 | 15 | 5 | 15 | 2.13 |
| 3 | 30 | 清水 | 10 | 1 | 4 | 28 | 23 | 5 | 15 | 2.00 |
| 4 | 29 | 柏 | 10 | 0 | 5 | 26 | 18 | 8 | 15 | 1.93 |
| 5 | 29 | セ大阪 | 10 | 0 | 5 | 25 | 21 | 4 | 15 | 1.93 |
| 6 | 27 | 広島 | 9 | 0 | 6 | 30 | 18 | 12 | 15 | 1.80 |
| 7 | 23 | 横浜マ | 8 | 1 | 6 | 31 | 20 | 11 | 15 | 1.53 |
| 8 | 21 | 名古屋 | 7 | 1 | 7 | 30 | 23 | 7 | 15 | 1.40 |
| 9 | 18 | 鹿島 | 6 | 1 | 8 | 23 | 19 | 4 | 15 | 1.20 |
| 10 | 17 | ガ大阪 | 6 | 0 | 9 | 21 | 25 | -4 | 15 | 1.13 |
| 11 | 16 | 福岡 | 6 | 0 | 9 | 23 | 30 | -7 | 15 | 1.07 |
| 12 | 15 | 神戸 | 5 | 1 | 9 | 20 | 24 | -4 | 15 | 1.00 |
| 13 | 13 | 浦和 | 3 | 4 | 8 | 21 | 33 | -12 | 15 | 0.87 |
| 14 | 12 | 京都 | 4 | 0 | 11 | 18 | 28 | -10 | 15 | 0.80 |
| 15 | 12 | 市原 | 4 | 2 | 9 | 19 | 34 | -15 | 15 | 0.80 |
| 16 | 9 | 平塚 | 3 | 0 | 12 | 15 | 33 | -18 | 15 | 0.60 |
第2ステージ順位表
| | 勝点 | | 勝 | 分 | 負 | 得点 | 失点 | 点差 | 試合 | 平均 |
| 1 | 35 | 清水 | 12 | 0 | 3 | 28 | 13 | 15 | 15 | 2.33 |
| 2 | 33 | 名古屋 | 11 | 1 | 3 | 32 | 23 | 9 | 15 | 2.20 |
| 3 | 30 | 横浜マ | 10 | 2 | 3 | 30 | 15 | 15 | 15 | 2.00 |
| 4 | 29 | 柏 | 10 | 1 | 4 | 23 | 18 | 5 | 15 | 1.93 |
| 5 | 24 | セ大阪 | 9 | 0 | 6 | 39 | 24 | 15 | 15 | 1.60 |
| 6 | 22 | 鹿島 | 8 | 0 | 7 | 30 | 18 | 12 | 15 | 1.47 |
| 7 | 22 | 神戸 | 7 | 3 | 5 | 18 | 21 | -3 | 15 | 1.47 |
| 8 | 21 | 広島 | 7 | 1 | 7 | 24 | 25 | -1 | 15 | 1.40 |
| 9 | 19 | 京都 | 7 | 0 | 8 | 20 | 30 | -10 | 15 | 1.27 |
| 10 | 17 | ヴ川崎 | 6 | 1 | 8 | 23 | 28 | -5 | 15 | 1.13 |
| 11 | 16 | 市原 | 6 | 0 | 9 | 22 | 22 | 0 | 15 | 1.07 |
| 12 | 15 | 磐田 | 5 | 1 | 9 | 23 | 27 | -4 | 15 | 1.00 |
| 13 | 15 | ガ大阪 | 5 | 1 | 9 | 15 | 21 | -6 | 15 | 1.00 |
| 14 | 15 | 浦和 | 5 | 1 | 9 | 18 | 25 | -7 | 15 | 1.00 |
| 15 | 12 | 福岡 | 4 | 1 | 10 | 18 | 29 | -11 | 15 | 0.80 |
| 16 | 4 | 平塚 | 1 | 1 | 13 | 15 | 39 | -24 | 15 | 0.27 |
